Per la gestione delle risorse il Centro si avvale della struttura amministrativa del Dipartimento di Scienze della Salute dell'Università di Genova, che opera secondo quanto previsto dal regolamento dell'Ateneo genovese per i Dipartimenti e Strutture assimilate.

Per l'anno 2000 il CIRI ha ottenuto finanziamenti dalla Regione Liguria (per il coordinamento della rete ligure) e dall'Istituto Superiore di Sanità (Programma 1% - per la sorveglianza virologica).

In particolare il programma di sorveglianza nazionale dell'Influenza in 10 Regioni é stato supportato da un grant educazionale delle aziende farmaceutiche Glaxo-Wellcome e Roche, che hanno ritenuto importante una conoscenza puntuale dell'andamento epidemiologico dell'Influenza.